Doğumsal anomalilerden baş boyun kitleleri anne karnındayken embriyolojik gelişimi esnasında ortaya çıkar. Doğumdan sonra ortaya çıkan kitlelerdir. Bazı kistler yani tiroglossal duktus veya brankial yarık anomalileri kişinin hayatı boyunca hiçbir belirti vermeyebilir.
Üst solunum infeksiyonu sonrasında abse olarak karşımıza çıkabilir.
Brankial yarık anomalilerini şu şekilde açıklamamız mümkündür. Brankial yarık anomaileri anne karnında ortaya çıkar. Çocukluk çağında ya da ergenlik döneminde üst solunum yolu enfeksiyonlarında bir kitle şeklinde belirti verir.
Bu anomalinin de üç tipi vardır. Branlial yarık anomalilerinin tedavileri cerrahidir.
Tiroglossal duktus kistleri ise dil kökünde ortaya çıkar. Genellikle çocukluk çağında ve ergenlik döneminde ortaya çıkar. Ameliyattan önce tiroid hormon ihtiyacını karşılayacak bir tiroid bezinin olduğundan emin olunmalıdır.
Doğumsal hemanjiomlar ise anne karnında gerçekleşen damarsal anomalilerdir. Doğumdan hemen sonra farkedilmektedir. Kulak önünde yer alan parotis bezinden kaynaklanmaktadır. Bebek 18-24 aylık olduğunda kendiliğinde tedavi edilmektedir.