Hipospadias doğuştan olan bir anomali olduğundan bahsetmiştik. Dolayısıyla bebek doğar doğmaz bir çocuk hekimi tarafından yapılan bebeğin ilk muayenesinde tanısı rahatlıkla konulabilir. Bu durumda penisin sünnet derisi tarafından tam olarak kapatılmadığı ve idrar değerinin penis ucunda değil de daha alt tarafında, ortalara doğru ya da aşağıda olması durumunda hipospadias tanısı rahatlıkla bir fizik muayeneyle konulabilir.