Hipospadias, penisin doğuştan gelen bir anomalisi olarak kabul edilir. Doğuştan olur ve bebek doğduğunda genellikle tanısı konulur. Bebeğin anne karnında gelişimi sırasında, idrar yapma kanalının, yani retra dediğimiz kanalın, penis ucuna kadar ilerlememesi ve penisin alt tarafında kalması durumudur. Dolayısıyla, doğuştan bir durumdur.